Su historia comenzó en 1727. Juan Guillermo González y Aragón impulsó la Hermandad de la Santa Caridad para asistir a enfermos y sepultar a pobres y ajusticiados. El obispo la aprobó el 3 de marzo y el Cabildo, diez días después.
La primera capilla propia abrió el 15 de agosto de 1727, cerca de las actuales Independencia y Tacuarí. En 1738, la Hermandad inauguró otra en Piedad y San Miguel, hoy Bartolomé Mitre y Suipacha.
Junto a la capilla funcionó un cementerio para pobres. En 1741 abrió un hospital de doce camas. En 1755, un asilo y colegio de huérfanas. La esquina se convirtió en un pequeño sistema de asistencia para la Buenos Aires colonial.
En 1761, la Hermandad compró un terreno para atender a soldados heridos y las huérfanas trabajaron como enfermeras. En 1768 levantó allí el Hospital de Mujeres, antecedente del actual Hospital Rivadavia.
La iglesia actual comenzó a construirse en 1782 y fue inaugurada el 21 de noviembre de 1788 como Nuestra Señora de los Remedios.
El 5 de julio de 1807, la columna británica de Alexander Duff avanzó por la calle Piedad y no logró forzar la puerta del templo. Duff declaró haber perdido unos 30 hombres. Los heridos fueron atendidos en el hospital de la Hermandad.
En 1822, el gobierno de Martín Rodríguez suprimió la Hermandad durante las reformas de Rivadavia. En 1830, el templo fue elevado a parroquia con el nombre de San Miguel Arcángel y sumó una torre que también sirvió como atalaya.
En 1913, Vaslav Nijinsky se casó allí. Entre 1917 y 1922, Augusto Ferrari transformó el interior y creó 120 pinturas. Fotografió a familiares y vecinos para convertirlos en personajes bíblicos; él mismo posó para las Bodas de Caná.
Incendiada en 1955, fue declarada Monumento Histórico Nacional en 1983 y permaneció cerrada entre 2000 y 2008. Hoy reúne fondos para restaurar su frente. En 2027 se cumplirán 300 años de la Hermandad que le dio origen.